Dalam pelaksanaan kegiatan akademik, Fakultas Ekonomi Universitas Bojonegoro menjalin kerjasama dengan perguruan tinggi dan atau lembaga-lembaga lain baik di dalam maupun di luar negeri.
Kerjasama dilakukan dalam bentuk :
a. Kontrak manajemen.
b. Program kembaran.
c. Program pemindahan kredit.
d. Pertukaran dosen dan atau mahasiswa dalam penyelenggaraan kegiatan akademik.
e. Pemanfaatan bersama sumberdaya dalam pelaksanaan kegiatan akademik.
f. Penerbitan bersama karya ilmiah.
g. Penyelenggaraan bersama seminar atau kegiatan ilmiah lain.
h. Bentuk-bentuk lain yang dianggap perlu.
Kerjasama dalam bentuk kontrak manajemen, program kembaran, dan program pemindahan kredit dengan perguruan tinggi luar negeri hanya dapat dilaksanakan sepanjang Program Studi dari perguruan tinggi luar negeri yang telah terakreditasi dan diakui Pemerintah Republik Indonesia. Pelaksanaan ketentuan kerjasama dengan perguruan tinggi dan atau lembaga lain di luar negeri diatur oleh Menteri.
Kerjasama yang telah dilakukan adalah sebagai berikut :
1. Dalam Negeri
- Pemerintah Kabupaten Bojonegoro
- Tiga Putra Jaya
- Yayasan Imajinasi Anak Bangsa
- BM Properti
2. Luar Negeri